Gli eventi raccontati in S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat si svolgono poco dopo la fine della storia di S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl: dopo aver scoperto la via d`accesso al centro della Zona il governo decide di dare il via ad una imponente azione militare con l`obiettivo di prendere il controllo del CNPP.
L`operazione militare prevede che un primo gruppo armato conduca una esplorazione aerea del territorio per individuare e segnalare in modo dettagliato le zone che presentano anomalie. Successivamente, utilizzando le mappe disegnate dagli esploratori, il grosso dell`esercito dovrà assaltare la Zona.
Nonostante l`attenta pianificazione però questa operazione fallisce. Gran parte degli elicotteri che costituiscono l`avanguardia dell`esercito vengono abbattuti e i Servizi Segreti dell`Ukraina decidono di inviare un loro agente per scoprire cosa abbia causato una tale disfatta. Da questo momento in poi entra in scena il giocatore.
Ambienti fotorealistici modellati sulle loro controparti reali: La città di Pripyat, il villaggio di Kopachi, la stazione ferroviaria Yanov… Una storia completamente nuova, ricca di missioni secondarie e con nuovi, incredibili personaggi.
Interfaccia di gioco nuova e semplice. Utilizza il motore grafico X-Ray v.1.6, in grado di supportare le DirectX 11.0.